Người ta cho rằng sự suy tàn của thời kỳ Cổ vương quốc đã bắt đầu trước thời của Pepi II, với việc các nomarch (người đại diện cho nhà vua tại các vùng đất) ngày càng trở nên hùng mạnh hơn và có ảnh hưởng lớn hơn. Ví dụ như Pepi I đã cưới hai chị em gái là con gái của một nomarch và sau này phong người anh trai của họ làm tể tướng. Họ đã có ảnh hưởng sâu rộng, cả hai chị em họ đã sinh ra những người con trai và đều được lựa chọn làm người kế vị hoàng gia: Merenre Nemtyemsaf I và Pepi II.

Sự giàu có và quyền lực ngày càng tăng dường như đã được trao vào tay của các đại thần dưới triều đại của Pepi II. Những ngôi mộ lớn và xa hoa xuất hiện tại nhiều nome lớn của Ai Cập, chúng được xây dựng cho các nomarch cai trị, tầng lớp tư tế và những quan lại khác. Theo truyền thống thì các Nomarch không phải nộp thuế và địa vị của họ được cha truyền con nối. Sự độc lập và giàu có ngày càng tăng của họ đã dẫn tới sự thay đổi tương ứng về quyền lực từ chỗ triều đình hoàng gia trung ương tới chỗ các nomarch địa phương.

Trong giai đoạn sau của triều đại, Pepi đã phân chia vai trò của tể tướng để tạo nên hai vị tể tướng: một cho Thượng Ai Cập và một cho Hạ Ai Cập, một sự phân tán quyền lực khác nữa khỏi kinh đô hoàng gia ở Memphis. Hơn nữa, trụ sở của vị tể tướng ở Thượng Ai Cập đã di chuyển một vài lần. Vị tể tướng miền Nam đã đặt trụ sở tại Thebes.